Les cours d'eau gérés par le SMAELT s'étentend sur deux grands ensembles topographiques et géologiques :
- les monts du Lyonnais à l'est, ensemble cristallin culminant à 984 m d'altitude ;
- la plaine du Forez à l'ouest, fossé d'effondrement rempli par les accumulations sédimentaires que traversent les cours d'eau avant d'arriver en rive droite de la Loire à une altitude d’environ 330 m.
Ces spécificités vont fortement influencer les caractéristiques morphologiques des cours d'eau rencontrés.
Les grands et moyens cours d'eau
Ils prennent leurs sources dans les monts du Lyonnais : la Loise et ses affluents (principalement Charpassonne, Doise et ruisseau des Granges) et la Toranche et son principal affluent le Pont-Lyonnais. Dans les monts du Lyonnais, ces cours d'eau s'écoulent avec des pentes modérées à fortes (entre 1 et 2% en moyenne) jusqu'à la Plaine selon un axe orienté nord-est/sud-ouest. Le réseau hydrographique est divisé en de nombreux petits cours d'eau s'écoulant dans des vallées étroites et parallèles qui confluent au niveau de la zone de piémont.
La plaine du Forez représente une petite partie des bassins versants de la Loise et de la Toranche où les cours d’eau reçoivent peu d'affluents. Les deux cours d'eau y sinuent jusqu'à la Loire en faisant de larges méandres sur une dizaine de km avec des pentes modérées (0,1 à 0,5%).
Les cours d'eau qui naissent dans la zone de piémont
Tout comme les cours d'eau des Mont du Lyonnais, le Garollet, le Chanasson, le Sault, la Vesne (ou ruisseau de Pouilly), les Odiberts, le Bernand et la Revoute. présentent souvent des bassins versant étroits et allongés sans affluent majeur. Leur profil se divise entre une partie amont souvent très pentue dans les vallées encaissées de la zone de piémont (pente des vallées pouvant monter jusqu'à 5%) puis, une zone peu pentue au niveau de la Plaine du Forez. On distinguera le Bernand et la Revoute qui montrent un profil régulier avec des pentes de vallées comprises ente 1 et 2%.
Les petits cours d'eau de Plaine
Le Soleillant, le Villechaise et le Collet, de petits gabarits, sont souvent considérés et gérés comme des fossés. Ils sont d'ailleurs secs plusieurs semaines dans l'année. Ils s'écoulent dans la Plaine, généralement de manière rectiligne, avec de faibles pentes pour confluer avec la Loire au niveau des zones urbaines et péri-urbaines.